Réduction des émissions de gaz à effet de serre : L'utilisation de biodiesel B100 permet de réaliser des réductions considérables des émissions de gaz à effet de serre (GES) par rapport au diesel pétrolier, sur l'ensemble de son cycle de vie. L'utilisation de B100 élimine les émissions de soufre qui sont associées à la combustion du diesel conventionnel. Le B100 permet également de réduire les émissions de monoxyde de carbone (CO) et de particules (PM) produisant du smog de près de moitié, et diminue les émissions d'hydrocarbures (HC) de 75 à 90 % par rapport au diesel classique. La teneur en oxygène du biodiesel, qui est de 10 à 12 % supérieure à celle du diesel pétrolier, favorise une combustion plus complète, ce qui contribue à la réduction des émissions de CO et de HC. Enfin, le biodiesel ne produit pas d'émissions de dioxyde de soufre (SO2), un polluant atmosphérique nocif.

Biodégradabilité et faible toxicité : Le biodiesel est biodégradable. Il se dégrade plus rapidement dans l'environnement que le diesel pétrolier, ce qui permet de minimiser les conséquences environnementales en cas de déversement accidentel. En cas de fuite ou de déversement, la contamination environnementale résultante est donc généralement moins grave qu'avec le diesel conventionnel. De plus, le point d'inflammation du biodiesel, qui est supérieur à 130 °C, est significativement plus élevé que celui du diesel pétrolier, qui est d'environ 50 °C.

Amélioration de la qualité du carburant diesel : Le biodiesel a la capacité d'améliorer la lubrification du carburant, ce qui est essentiel pour le bon fonctionnement et la longévité des moteurs diesel. Le biodiesel a généralement un indice de cétane plus élevé que le diesel pétrolier. L'indice de cétane est une mesure de la qualité de l'allumage du carburant dans un moteur diesel, un indice plus élevé indique que le carburant s'enflamme plus facilement et plus complètement, ce qui peut se traduire par un fonctionnement du moteur plus souple et moins bruyant.